在文渊阁的八年半中间，北方边防没有发生重大事件，也是申时行引以自豪的政绩。其实当时危机并未消失，只是依靠他处理得当，才未酿成大变。
1590年，本朝的一员副总兵李联芳在甘肃、青海交界的地方陷于蒙古军队的埋伏，力战身亡。北京的文官大部分主张应当兴兵讨伐。这时候万历皇帝已很少在公开的场合之下露面，由于这一重大事件，他破例举行早朝，朝罢以后继续和各位大学士讨论对付的办法。万历同意多数廷臣的意见，认为应当采取强硬态度，然而申时行则持有不同见解。
申时行的看法是这样的：50年前，北方蒙古各部落在俺答的号召下组织成一个同盟，势力所及，东西连亘两千里，与本朝军队屡屡作战，杀伤军民不计其数。到了1570－1571年冬天，俺答改变宗旨，愿意约束各部不再犯边，而以赏赐给他的津贴和互市的权利作为交换条件。廷臣讨论之后鉴于和平的局面对本朝有利，所以接受了他的提议，还封俺答为顺义王，其他部落首领也分别给予不同的名义。
俺答对这修好的条约忠实履行不渝。他去世以后，儿子黄吉台尚能维持现状，到了孙子扯力克，就已经没有约束各部落的能力，全蒙同盟名存实亡。在甘肃、青海间活动的卜失兔和火落赤两部，尤其不受节制，经常向西南方向骚扰。一旦被质问他们就声称是“抢番”，即抢劫这一带的回、藏诸部，而并非侵犯天朝。这种做法使他们既保持了赏赐和互市的利益，又保持了行动的自由。
1590年，本朝的一个被称为“方大醉”的下级军官，听到军士报称蒙古骑兵侵掠边境，他就单人独马冲到出事的地方。蒙古人准备答话，此人乃一介武夫，一言不发，举刀就砍。蒙古人在退走时拔箭射中了这位莽汉，致使他第二天创发身死。于是军中群情激愤，坚决要为他报仇。洮泯副总兵李联芳追逐敌军，遇伏阵亡。报告送到北京，议论就哄然而起，大都主张停止互市，出兵作战。顺义王扯力克也作了战争的准备，渡过黄河，即将陷洮河，入临巩。情势如箭在弦上，一触即发。
然而在申时行看来，情况并非没有缓和的可能。他不能相信扯力克已经下定了全面战争的决心，因为他的同盟并不团结，并不是每个部落都愿意放弃互市的利益而与本朝作战。如果和平的希望没有断绝就决心接受全面战争，这不能说是明智的办法。边境上发生这样的事件，确实暴露了本朝的弱点，增加了蒙古人的野心。但补救的办法不在于发动战争而在于巩固内部的力量。如果边防军的空额都已补足，各边镇的仓库充实，以游牧民族耳目之灵通，他们是断乎不敢轻易挑衅的。如果边防的情况依然故我而本朝与蒙古人贸然交兵，纵使在局部地区取得胜利，这联绵几千里的边防线，终归是要被对方冲破的。说到底，即使本朝的军队获捷一百次，也不能宣布占领了大沙漠；而对方取得一次决定性的胜利，则可以使本朝彻底垮台。
这一次处理边境危机的经过，更清楚地阐释了我们帝国的特质，从此中看出：军事机构受文官控制不是没有理由的。边防需要作出全面计划和长久打算，动员的程度则既不可过低也不可过高。一般说来，全国的情况有千差万别，不容许中枢凡事过问。因之皇帝的领导多少带有抽象性，应当集中全力鼓舞臣工，而不必在每时每事上加以处处干预。然则在紧要关头，皇帝左右全局决定和战的领导力量，却又千万不能等闲视之。就在这燥热的1590年夏天，申时行因为有了万历皇帝的支持，终于避免了一场以国运为赌注的战争。这使他更进一步地体会到了本朝传统的优越性：让年轻的太子受傅于翰林学士，实在是高瞻远瞩。日后太子登极，翰林学士也被擢升，初为内阁中的副手，再遇机缘遂成首辅，这不仅保持了中枢人事的连续性，而且凭着老师和学生的亲切关系，可以使许多棘手的事情轻易而圆满地得到解决。
首辅和万历在1590年阳历8月25日的谈话，是记录中的最后一次。表面上看来，师生君臣间的讨论似乎散漫无重点，而实际上申时行以极为谦卑的语调，达到了当面禀奏的目的。磋商的结果，所有的总督巡抚都供职如故，没有人因为这次边境出事而被撤职或受到其他处罚，这表明皇帝对边区各地方官的信任并未动摇；同时与俺答所订立的和平条约至此已20年仍然有效，不因局部冲突而废止。首辅又提出，所有官军的防御不可松懈，并应对卜失兔和火落赤两部特别戒备。再之则建议派遣一个重要的文臣去各边区协调全部战略处置。这次在御前的谈话既经送交午门传抄公布，则中枢的决心已定，不容置喙。因之磨拳擦掌的主战派乃不得不稍事收敛。（详附录一）
4天之后，原来掌管京军训练、带有兵部尚书衔的郑雒被派为北方各镇的经略。这时甘肃、青海边境的形势已经稳定，本朝的军队没有发动攻击，蒙古铁马大举内犯的可能性也没有成为现实。1591年初，郑雒乘卜失兔企图与火落赤会合的时候，突然袭击其侧翼，截获了大批牛羊和其他给养，同时又按照申时行“清野”的指示，让青海的很多回藏部落他移，并把蒙古人所建造的喇嘛庙和最近运来的木材付之一炬。很多草地也以“烧荒”的方式加以破坏。扯力克看到继续往西南移动没有前途，也就率领主力返回黄河东北。此后蒙古人还将与本朝的将士在各处作小规模的交锋，但是，合并长城以外各部并征服回藏以构成一个游牧民族大集团的计划，就只能永远放弃了。
首辅申时行的执政纪录相当复杂。他对边境问题的处理是否全部合适，即令时至今日，也不是易于判断的。但是有一件事情总应该提到，就在这1587年即万历十五年，辽东巡抚注意到一个建州酋长正在逐渐开拓疆土，吞并附近的部落。他觉察到养虎将要贻患，就派兵征讨，但是师出不利。他认为失败的原因，在其部下开原道参政不照命令行事，而坚持其个人改剿为抚的主张。巡抚参劾这参政的奏折一到北京，被参者反而取得到了京中监察官的同情，他们又出来参劾这位主剿的巡抚。申时行认为这完全是一件小事，不值得引起内外文官的不睦；所以他又以和事佬的身份出面调停，建议皇帝视双方的互相参劾业已彼此对消，也不再作是非可否的追究。于是这位酋长今后得以为所欲为，而且还能够继续利用本朝内外官员的不和来发展他自己的千秋大业，此是后话，也不在本书叙述范围之内。这位酋长并非别人，据当日记录称，他名叫努尔哈赤。若干年之后，他的庙号则为清太祖。
很多历史学家没有提到申时行和扯力克之间的这段纠葛，更想不到他和下一个王朝的创业人还有过这一段因缘。在历史学家看来，申时行一生做官执政的最大功罪都应以万历年间的立储问题为始终。
多数文官对申时行深感不满。最初万历皇帝起下了废长立幼的念头，就已经是不德不义了。申时行身居首辅，他自应以去职力争，不得已就应当以生死力争。他是第一个可以在御前说话的人。如果采取了这样坚决的态度，即使因此而去职甚至牺牲，他的继任者也会不得不仿效他的做法，加上廷臣的舆论又是如此一致，皇帝就会被迫接受公议，以后的僵局也就不会发生了。
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