地方政务动静不大，军务上却是作了大手笔的调整
第一件事情，就是全面裁撤卫所官兵，凡是在卫所军籍者，全部解除军籍，挑选其中精壮进入各镇，由朝廷补充军饷，成为募兵；年老体弱者，赐予田地成为农民，免除五年税赋；即日起，各省卫所将领分批召回兵部考核，考核合格者，另行委用，分散至各军镇之中任职，考核不合格者，免去本兼个职，不得再次录用，裁汰出局。
各省防务交由指挥使与总兵共同管辖，云、贵、闽、粤、桂、赣各部署一镇兵力于要冲，宁靖地方；四川、湖广、浙江、陕西各两镇兵力，南直隶两镇兵力，应天府四镇兵力，除开南京三镇之外，在筹建一镇，组建京军，一共二十镇兵力，二十位总兵官，一镇兵力省份，都指挥使由总兵兼任；两镇兵力以上省份者，设立总督，统领一省军务，每镇兵力核定员额一万八千人，南京四镇作为京军，每镇配置两千火枪军，组建火枪步骑营，如果再算上中原的五镇天威军，总兵力，也要接近五十万兵力了，其余的多一个不要
除了陆地的二十五镇之外，设立大明皇家海军福建水师、江浙水师两镇水师，福建水师总兵郑芝龙、江浙水师总兵郑浩天。徐一帆以兵部左侍郎总督天威军，负责河南军务，统筹中原所有战事，秦牧风任京军总督，负责江淮军务；李定国总督陕西军务，率兵北上，防御山西的清军南下；黄得功总督湖广军务，负责防范四川的张献忠，以免张献忠再次杀出四川；
在军务上，朱杰自然是行家里手，一言而决，即便是孙传庭都不会过多置喙，孙传庭甘拜下风，自愧不如的，皇上制定方略，自己照着执行就是，绝对不会出现任何岔子
部署好军务，紧接着，朱杰再次掷出了大手笔成立皇家科学院，负责全国勘探、天文、立法、从事各种器械、军械的研究事务；宋应星成为科学院第一任院长。
单单是成立皇家科学院，倒是还不至于引起一片哗然，要命的是，朱杰为皇家科学院送上的大礼第一件事情就是封宋应星为文运候，自宋应星起，之后每一届皇家科学院院长全部得文运候侯爵，永不更易；凡是入选皇家科学院的学者，一律赐子爵爵位，有突出贡献者，甚至可以晋升为男爵、甚至伯爵
消息一出，整个朝野都沸腾了，就是一些泥瓦匠，木匠，就可以得爵位擦了，还有没有天理还有没有天理非但是军方将领，即便是文臣们也大都不满，极为不满，众多朝臣为国操劳数十年，可都从来没有得过爵位啊，大明朝向来晋升易，得爵男，有非军功不得封爵的律例，即便是刘伯温那么大的功劳，也不过得了一个诚意伯而已，太难了
但是，朱杰毫不为其所动，一句话，所有皇家科学院的学者，必须授予爵位，当然了，想要进入皇家科学院，那可是有着绝对严厉的要求的，必须经过三位皇家科学院的学者联名举荐，交由皇家学院审议，考核，方才可以进入，同时还要在科学院中试用一年，考核通过，方才能够留在皇家科学院，而且，皇家科学院每年只有十个汉人名额，五个番邦名额，这可是真正的殊荣，要知道整个大明朝，即便是尚书，都有十多位呢
朱杰非但授予这些人爵位，皇家学院设立皇家恪物奖赏规制，第一等赐金牌，赏银万两；第二等赐银牌，赏银五千两；第三等赐铜牌，赏银三千两，未来哪一个人能够研究出足够的成果，皇家绝不吝惜赏赐，除了这个每年评议的奖赏制度外，还对有所发明创造、研究成果的人进行表彰，只要其成果在皇家科学院通过审核，那就可以领取一定的奖励，最高者，奖赏高达一千两纹银
刚刚设立了规制，朱杰就将第一等恪物金牌赐给了宋应星，表彰宋应星写出的天空开物这不皇皇巨著，第二等恪物银牌赐给了茅元仪，表彰茅元仪写出的军备图说；第三等恪物铜牌赐给了毕懋康，表彰其研制出了大明第一杆燧发火枪，实打实的赏赐啊，皇上御赐，还有大笔的赏银，都超过了他们一年，甚至三年的俸禄
连孙传庭都有些红眼睛了，这个皇上要玩哪样这大明朝，著作等身的大学者，数不胜数，江南更是人才辈出，但是没有这些硕学大儒什么事情，奖赏都给了这些研究旁门左道的人这叫什么事难道现在孔孟门生不值钱了，孔孟之道什么时候变得这么不值钱了
“皇上，臣以为此事不妥啊，大大的不妥啊”
孙传庭白日在朝堂上，不便于公开驳斥皇上，毕竟是新皇刚刚登基，必须要维护他的权威才行，不得不等到深夜，方才入宫求见，向着朱杰再次提出了反对意见。
“你倒是说说，有什么不妥”
朱杰笑道。
孙传庭沉声道“皇上，从古至今，孔孟之道就是内圣外王的国家根基，不容动摇，朝堂之上，所有官员几乎都是圣人门生，如今您将恪物之学捧起老高，却将儒教贬低的一文不名，势必会引起朝中官员非议的，官员心中有所不满，无心政事甚至尸位其上，对于朝政有百害而无一利啊”
朱杰站起身来，常常的叹了一口气，方才答道“孙大人，您只知其一，不知其二啊，如今这个时代，已经不是远古先秦或者汉唐的时代了，这个时代，将会是一个巨变的时代，大明的长治久安甚至未来数百年甚至千年国祚不断，就要全部靠这些人了，儒教可以保证我大明道德昌盛，却无法保证我泱泱中华兵甲之利，儒教可以保证我大明知书明理，却无法保证我泱泱中华掌握天地运行之至礼，儒教不可废，然则，这恪物之学，却也不能偏废，知道为什么朕将毕懋康与宋应星超擢进入内阁吗因为他们两个人乃是个中翘楚，争衡未来的世界，靠的是火枪、火炮，不是这些刀枪剑戟，世道要变了”
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