为了彻底占领马六甲，阿尔布克尔克让殖民军总司令欧维士带着1200名葡萄牙士兵下了船。 满剌加王宫建造在离马六甲城十里外的一座风景优美小山上，从王宫能俯瞰整个马六甲海湾。一条河流从山间流过，进入王宫必须经过一座大桥，大桥四周修建了堡垒。
满刺加的士兵们还从未见识过葡萄牙士兵的厉害。准备固守城池。
虽然马六甲王宫城堡不大，也就是后世一幢小楼房的大小，但是马六甲城堡依据地形在城堡附近挖掘沟壕，修建墙体，形成阶梯状的防御体系。在城堡外围的整个防御体系中，是可以驻防几千兵马的。葡萄牙占领马六甲后修建的法摩沙城堡就是这种类型的。
实际上，满喇加苏丹的士兵装备不错，有两千人配备着从大明买的前膛枪。其余的两千人则使用弓箭。四千士兵全部穿着铁片和披甲制成的护甲，这种盔甲对冷兵器的防护力相当可观，另外宾塘王子还有一支二十头大象组成的象兵。
然而在葡萄牙人的大炮、火枪面前，一切的护甲和装备都是徒劳的。
五十门十八磅大炮被立在河边堡垒的前面一里处，开始上药装弹。
堡垒外围的一千士兵把火枪架在围墙的射击孔中，还准备和葡萄牙人打一场艰苦卓绝的攻防战，但葡萄牙人已经直接把他们忽略了。葡萄牙人的大炮对准了堡垒，准备用实心弹和燃烧弹朝那三层楼高的几座堡垒轰炸。
马六甲堡垒是石木结构制作的，防御弓箭是十分称职的。即便是火箭也无法引燃堡垒。在冷兵器时代，这样的堡垒可以让攻击方包围几个月都打不下。
但在葡萄牙的大炮面前，这种十六世纪的古旧堡垒就像是纸糊的一样。
葡萄牙军总司令 欧维士一挥手，五十门大炮齐齐开火。炮弹毫无悬念地砸进了堡垒的墙壁内，轰隆隆的巨大声响中，远处的堡垒像是掉在地上的西瓜，被炸成了稀烂一片。
堡垒被炸后，整个建筑垮塌下来。堡垒里的士兵的士气显然受到重击。欧维士看到守在城墙射击孔上的士兵们一阵耸动，都转身去看堡垒。那些从射击孔上抽回去的火枪好久都没有重新举出来。
显然，马六甲的火枪手们在惊疑中已经有些混乱了。
然而让欧维士微微吃惊的是，城墙里的士兵见识了自己这边火炮的威力，却没有投降。
马六甲的士兵相当坚韧。
葡萄牙入侵满剌加，是满剌加立国几十年来第一次遭遇“外敌”入侵。城墙上的满剌加士兵们似乎准备战斗到底。
欧维士指挥大炮开始轰炸王宫外的城墙。虽然现在的火炮实心弹威力不足，但击碎这个王宫外面那薄薄一层墙体还是绰绰有余的。五十门大炮对准了一里外的城墙，开始一门接一门的射击。
满剌加士兵的士气不错，但是他们的武器实在太落后了。虽然他们的火枪很多，但是大炮几乎没有。如果面对海盗或者南洋当地军队，火枪众多的满剌加军大概算得上是劲敌。但面对火炮众多的葡萄牙，他们只能被动挨打。
满剌加王宫城堡外面一圈城墙长不过两百米，宽不过一百多米。五十门大炮虽然不多，但是对于这么小的一个王宫城堡来说已经十分可怕了。欧维士让大炮打了两个小时，朝小小的城堡射了几乎四百发炮弹，不知道炸死了城堡里的多少人。
按欧维士的估计，就算一发炮弹只炸死5个人，城堡里面也死了两千人了。
王宫西面的城墙已经全部被炸毁，从欧维士角度可以看到王宫里面的屋邸。经过一个上午的轰炸，那些屋邸被炸得破破烂烂，不少屋子都起火燃烧起来。
整座城堡唯一有防御意义的只剩下那几道壕沟和土垄。见识了火炮威力的满剌加士兵趴在土垄上面，战战兢兢地坚守着最后的岗位。
每一轮炮弹射进不大的王宫城堡里，都会造成巨大的伤亡。欧维士用望远镜看得清楚，王宫城堡里的士兵都趴在地上。每次但有士兵被炸死，其他的士兵就爬起来把这些死者抬到专门安放死者的区域。满剌加是穆斯林国家， 那个放尸体的区域里面，足足摆着几百具尸体。
这完全是一边倒的战斗，说是大屠杀也不为过。城堡里的满剌加的士兵除了挨炸和死去，什么也做不了。他们坚持不投降，与其说是和葡萄牙人战斗，倒不如说是和他们内心的意志力在战斗。
毕竟，这是满剌加几十年来第一次受到外敌入侵。哪怕是原来的宗主国暹罗，都被满剌加打败了。满剌加人不愿意把它们的国家轻易交到葡萄牙这个殖民者手上。
但是欧洲殖民主义已经出现在这个时代，不是满剌加士兵们宁死不屈就能改变时代的车轮的。
终于，在葡萄牙的大炮准备开始第五个阶段的炮轰时候，王宫里面的士兵们崩溃了。哪怕是为国家而战的信念也无法支撑这样的伤亡，王宫里的士兵全部放下武器投降了。满剌加苏丹在宾塘王子的象兵掩护冲出重围向马六甲周边而去，麦哲伦带领一队葡萄牙士兵在追击途中被满剌加士兵的弓箭射伤。
阿尔布克尔克让欧维士带一千人进驻马六甲城，经过半天大火马六甲大半个城区化为灰烬。马六甲毕竟是南洋最大的城市还是有许多建筑物保持完好。
阿尔布克尔克占领马六甲城后，马六甲城满喇加人、阿拉伯人没有胆量对抗葡萄牙殖民者。如果这个时候反抗葡萄牙人，估计会被打个稀烂。
商户们赖以生存的贸易被禁止，城市被烧毁，不少商户变得一无所有，连糊口生存都出现了问题。商户们恨不能杀了阿尔布克尔克吃他的肉。
毕竟这里是满剌加首都马六甲，是满剌加世代繁衍的地方。一个葡萄牙总督来统治，岂不是意味着满剌加国已经被葡萄牙的兵马征服了？
欧维士走到了没有来得及逃走的贵族面前，满剌加人不敢相信的事情发生了，葡萄牙舰队入侵满剌加！
马六甲华人商会内会长程志明同逃到商会的满剌加王子宾塘一起商议怎么办，满剌加苏丹带着卫队到了满剌加第二大城市宾城。
葡萄牙人占领马六甲后，阿尔布克尔克在马六甲城衙门会见了欧洲商人。
阿尔布克尔克正在那里琢磨，却突然看到一个欧洲人，带着十几个欧洲商人朝自己走过来。
“见过阿尔布克尔克公爵、欧维士司令官！”
阿尔布克尔克坐在椅子上看了看这个欧洲商人，嗯了一声就算是回礼了。
欧洲商人是英国人卡尔.约翰逊说道：“公爵阁下在上，我代表在马六甲的欧洲商人欢迎葡萄牙舰队的到来。”
阿尔布克尔克听到这话笑了笑。
这些欧洲商人一直以来受到华人和阿拉伯人的压制，大明的产品几乎90%由华人商会控制而香料全被阿拉伯人垄断。不但如此还要交纳高额的税收给满剌加，这次欧洲商人就是通过华人商会同满剌加谈贸易和关税问题。阿尔布克尔克打量了约翰逊一眼，问道：“你们愿意怎么做？”
“我等愿出货物价值的10%为关税给葡萄牙！”
阿尔布克尔克摇了摇头，说道：“太少，你们要是出80%，我就允许欧洲各国商人使用葡萄牙印度洋、红海航线并负责保护各位的安全。”
英国人约翰逊听到这话脸上一红，知道阿尔布克尔克是戏耍自己，说道：“公爵阁下手下留情，看着都是欧洲人的份上共同发财也是积个阴德。”
阿尔布克尔克一挥手，几个亲卫走上去把这些欧洲商人赶走了。约翰逊等十几个英国、法国、意大利、西班牙商人本来还满怀希望而来，此时却被卫兵驱赶，一下子都觉得自己受到极大的侮辱，看向阿尔布克尔克的眼睛里都带上了怨恨。
阿尔布克尔克在马六甲一直逗留到1508年11月，留下欧维士和800名葡萄牙士兵防备满剌加苏丹和马来人的反击。他下令屠杀马六甲所有的穆斯林以减少宗教分歧，以此迫使印度教徒和穆斯林皈依基督教。除了华人商会和大明商船，他抢劫了所有外国商船和店铺，他还下令一艘葡萄牙船只向东航行寻找马鲁古群岛的“香料群岛”，建立了法摩沙城堡。
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