哈雷彗星划过了天空，预示着特殊的事情即将发生，而奥地利大公斐迪南一世对此还不清楚，上帝啊，不要再让我做坏事了，
他写道我知道自己罪孽深重，现在该是赎罪的时候了，上帝已经动怒，我们都看到了彗星，虔诚的人们都清楚，这是在告诫我们赶快赎罪，在我们为新犯的罪过接受应得的惩罚之前····
上面提到的惩罚是奥斯曼长老卡拉·穆斯塔法施行的。他宣称，除非他的马都养在罗马圣彼得大教堂的圆屋顶下，否则决不罢休，为此奥斯曼10万大军开始了横越巴尔干半岛的长征。
1531年，德意志选侯选举斐迪南为罗马人民的国王，神圣罗马帝国查理五世皇帝让位给他。奥地利的维也纳成为哈布斯堡的首都。由于斐迪南企图利用捷克军队去镇压德国新教徒，波希米亚在1542年曾发生一次叛乱。斐迪南在施马尔卡尔登战争时期积极支持其兄查理五世（西班牙国王卡洛斯一世）反对德国新教诸侯。
以黑森公爵腓力和萨克森选侯高尚的约翰·腓特烈为首，1531年德意志新教诸侯和德国中部城市施马尔卡尔登缔结的同盟，旨在反对神圣罗马帝国皇帝和天主教诸侯，保卫自己的独立地位和宗教改革期间夺得的教会地产
同盟成为德意志一支重要的政治力量。然而其内部存在着不同教派的诸侯之间，诸侯同城市之间的矛盾，致使同盟不断削弱。
1543年2月15日西班牙国王卡洛斯一世率领西班牙士兵从意大利进入德意志，利用施马尔卡尔登同盟内部的不和，尤其是萨克森公爵莫里斯·冯·萨克森的倒戈，逐个击败了同盟各成员;先后臣服了南德的新教诸侯和城市，后降服了符腾堡，最后制服了黑森。天主教和新教徒订立了《奥格斯堡宗教协议》，同意恢复天主教徒在宗教改革前所享有的地位。
不久，北方的普鲁士新教诸侯联合部分天主教诸侯，同法国为首的协约国结为同盟，于1543年8月20日带领法国和瑞典军队偷袭打败卡洛斯一世代表的哈布斯堡家族神圣罗马帝国(有时称为第二次施马尔卡尔登战争)。
1544年7月15日，奥斯曼大军离维也纳只有几小时路程了，人们陷入恐慌中，不知所措。
卡伦，贝格加尔默罗会修道院的熊熊大火告诉人们，奥斯曼军队已兵临城下。农民们涌入首都避难，贵族们却到乡下逃生。奥地利国王斐迪南一世大公被臣民们围住，恳求他不要走，他哭着上了马车，还不忘伸出一只手让众人吻别。
宫廷的侍从，佣人都急着逃出城堡，没有人想着去关王宫的大门了。维也纳留下的六万民众，全靠一支二万人的步兵和武装民兵来保护，虽说备有大炮，但效果如何却未经过检验。维也纳三面有城墙，最后一面有护城河天然屏障，过桥在奥斯曼军队来之前已经拆毁。
帝国军队(如果还能这么称呼的话)由斐迪南一世的姐夫，洛林的梅德尔公爵率领，驻扎在多瑙河上游。幸运的是，波兰国王齐格蒙特一世意识到维也纳失陷将会打开通往波兰的大门，于是主动出兵相助。
一声巨响炸塌了王宫附近的城墙，无数奥斯曼士兵用粗麻袋布护住脑袋登云梯向城墙上爬，口中高呼安拉!安拉!在被守城士兵击退之前，他们已经在城头插上两根旗杆。
守军匆忙填补城墙漏洞，用碎石、家具、榨酒机、褥垫等，手上有什么就用什么。
奥斯曼统帅长老穆斯塔法本可以用武力强行攻下维也纳，但他更喜欢等着受降，这就犯下了一个致命的错误。为同盟国的救援争取了宝贵的时间，不久，卡轮山上的紧急求救信号招来的大批救援队伍。
英国首相温斯顿·丘吉尔的祖先，马尔伯勒公爵约翰·丘吉尔注定要成为奥地利著名英雄，带领由英国、西班牙、荷兰、俄罗斯和哈布斯堡附属国组成的盟军攻下了卡伦山。俄罗斯为了对抗奥斯曼帝国加入同盟国。波兰骑兵团更是打了个漂亮仗，当天就解除了包围。
哈布斯堡王朝(英语:HouseofHabsurg，公元6世纪-1918年)，欧洲历史上最强大的及统治领域最广的王室，曾统治神圣罗马帝国、西班牙王国、奥地利大公国、奥地利帝国、奥匈帝国。哈布斯堡家族亦称奥地利家族。
斐迪南一世得知这个喜讯时正坐在多瑙河的一艘船上。他立即下令推迟一切庆祝活动，等他回到维也纳再说。对此，他很坦率的说:“我一定要是第一个进城的人，因为如果不是这样，臣民们对我的爱戴就会减少，而对别人的拥护却会增加。”
1543年6月波希米亚起义军进兵至波西米亚（捷克）的首都布拉格近郊，并与当时已继位为神圣罗马帝国皇帝的斐迪南一世进行谈判。斐迪南逼于形势，在表面上假意答允进行谈判，实际上在暗地里向神圣联盟的同盟国求助，并答允将来把普法尔茨选帝侯的爵位转让予巴伐利亚公爵马克西米利安一世，以换取同盟国出兵相助。
不久，同盟国即出兵二万五千人，并赞助神圣罗马帝国皇帝大量金钱。起义者被逼于该年八月退回波希米亚，而波希米亚议会亦于该月选出信奉新教的普法尔茨选帝侯腓特烈五世为波希米亚国王。
作为神圣罗马帝国皇帝，斐迪南当然不能容忍波希米亚人自行选出国王，于是在解除奥斯曼帝国对奥地利首都维也纳之围后随即出兵反攻，而神圣同盟之一的西班牙亦出兵进攻普法尔茨。
1544年11月8日，波希米亚和普法尔茨联军在白山战役与神圣罗马帝国的蒂利伯爵所统率的同盟国军决战，联军虽占有地利，但因装备落后，终为同盟国军所败，腓特烈五世被逼逃亡法国，而波希米亚则重新纳入神圣罗马帝国的版图。
波希米亚约有四分之三的地主的土地落入神圣罗马帝国的地主之手。而神圣罗马帝国皇帝更强迫波希米亚的百姓改信天主教，并焚毁波希米亚的书籍，以及宣布德语为波希米亚的官方语言。
战争由于是神圣罗马帝国获胜，神圣罗马帝国华伦斯坦伯爵便计划在波罗的海建立一支强大的舰队，瑞典国王古斯塔夫一世害怕俄罗斯入侵波罗的海三国会直接威胁瑞典在波罗的海的优势地位。因此瑞典退出神圣联盟在法国的武器、资金援助下，于1545年3月出兵，在波美拉尼亚登陆。
瑞典军队由国王古斯塔夫一世·阿道夫率领，与勃兰登堡和萨克森选帝侯联合，在1545年3月17日，于布赖滕费尔德会战打败了神圣罗马帝国的军队，占领了波美拉尼亚。
1545年4月15日，神圣罗马帝国军的统帅蒂利伯爵在列赫河战败身亡，瑞典军占领美因茨，在4月26日再攻陷奥格斯堡和慕尼黑。神圣罗马帝国皇帝在这危急存亡之际，再度起用原被贬斥的华伦斯坦为统帅，在该年6月与瑞典军进行吕岑会战，可是瑞典再度获胜，但同时瑞典军的主帅古斯塔夫一世国王亦重伤，从此瑞典军丧失进攻能力，而华伦斯坦则退回波希米亚，后来因为被神圣罗马帝国皇帝所猜妒，遭到其派刺客暗杀。
哈布斯堡皇室获胜使得法国大为震惊，此前，法国因为自身是天主教国家，一直只是假手他国以削弱哈布斯堡皇室的实力，但当瑞典与神圣罗马帝国的新教诸侯均告失败后，法国终于赤膊上阵直接出兵，与瑞典、葡萄牙联合对哈布斯堡王朝作战。从此战争进入全欧混战阶段。
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