商毅现在是山东都司同知，登州守备参将，在穆陵关只不过是暂时安居。而且他也打算在长江流域一带重斩建立根据地。因此沒有必要在穆陵关投入更多的资金建设。
但商毅知道，明朝实际只剩下不到一年的时间，这个结果估计是改变不了，而清军再进驻北京之后，很快就会打到山东来。虽然商毅准备在南方开僻新的根据地，但也不打算轻易放弃山东之地，因为这里从水陆两路来说，对北京的危胁都很大。因此不到万不得以，是不要放弃的。那怕只保留一个登州也行。至少在山东半岛上可以有一个立足点。
而在这种情况下，穆陵关的地位就显现了出来，它位于山东中部，连接山东南北，地势险要，易守难攻，如果能够和登州互相呼应，并且以穆陵关为据点，在沂蒙山区内进行游击和守城战相给合的作战方式，都是很不错的选择。因此加强穆陵关的防守，也是完全有必要的。
商毅经过了仔细的考虑之后，终于决定，将穆陵关修建成一座纯军事要塞，以后就成为商家军在山东中部的一个据点。关城的规模到是不用再扩大，但城墙必须重建，到不用太高，有三丈多就可以了，但将釆用欧州的棱形城墙结构，并辅以炮台、岗楼等城防结构相配合。
同时商毅还决定，在关城里挖四条地道通向城外，一方面是防止清军围城之后，与外界的联系，取得补充和支援，另一方面也是万一真的守不住了，城里的士兵也有一个可以安全撤退的通道。
其他人当然没有商毅想得那么远，而且他们也不可能想得到，明朝以经没多久可活了。但对加固穆陵关的城墙都不反对。毕竟这一次对付淸军的入关奔袭，全靠有穆陵关可守了。因此也都认为，万一下一次清军再打过来，穆陵关还是派得上用场的。
但对商毅设计出的棱型结构城墙，众人又一次被商毅的奇思妙想弄糊涂了。因为中国的城墙，除非是受地形的限制，否则一定都是四四方方的，不明白商毅为什么要把城墙设计成这么怪模怪样。
尽管商毅向众人详细解释，城墙修成棱型结构的优点，但还是有些难以接受，因为唐镇提出，如果要达到商毅所说的这旦功能，在每面城墙上修马面就行了，没有必要修成这样尖尖角角，奇形怪状的。
商毅当然知道，所谓马面，就是一般在大城的城墙都会有几个如齿轮状突出的部份，相隔约一射之地，从而对攻城者形成个三方向的打击。实际也是达到棱型结构城墙的效果。
但和棱型结构城墙相比，马面如果修得过小，就起不了多大作用，如果修得过大，则会增加修筑城墙的成本，和守城的兵力。最重要的是由于马面也是正方形，同样会给攻城的一方留出一个攻城面。尽管这个攻城面不大，但在城上能驻守的兵力也同样不多，相对也比较容易被攻破。虽然攻下马面之后的立足点并不大，守城军队也容易的反扑夺回，但毕竟是给攻城部队留出可趁的漏洞。要知道在战斗中，任何一个小小的细节，都是足以致命的。
而棱型结构城墙却沒有明显的漏洞，那怕是敌军只进攻尖角处，另一侧的同伴也一样能够支援得上来。因此在重建城墙时，商毅仍然选择棱型结构的城墙。
其实商毅的解释并不能完全让唐镇等人心服，但基于他们对商毅一惯的相信，还是同意了商毅的意见。而现有的城墙也不拆除,就在现有城墙的外围,开始重新修筑,这样穆陵关就成了双城墙结构，防守自然也更加牢固了。
然而就在商毅和工匠们准备勘测地形，确定城墙范围的时候，催他出兵的公文又送到了穆陵关。而且这一次不仅是来了公文，还有崇祯的圣旨。当然在圣旨里，崇祯到沒有责怪商毅，而是将他过去的功劳又赞扬了一番，又说现在国事危急，以经到了刻不容缓的地步，因此请商毅尽快出兵。
原来在五月二十九曰，张献忠攻下了武昌府，住在武昌的楚王朱华奎被张献忠放入笼中，沉江而死，楚王府的宗室人员也全部被斩杀，据说当时从鹦鹉州到道士洑之间，浮尸蔽江、一片凄惨景象。而楚王府库藏的上百万两金银，二十万石粮食，也全归张献忠所有。
而在此之前，李自成是在崇祯十五年（1162年）闰十一月从南阳进军湖广。将驻守湖北的左良玉打得大败，引军退守到九江，根本就不敢向湖北靠近一步。结果只用了三个多月，李自成就己攻下了襄阳府，荆州府、承天府、汉阳府、德安府、黄州府等地，整个湖广以北的广大地区，被这两位农民军的大佬一人一半的瓜分。
李自成在攻取了湖北大部之后，以在襄阳组建自己的政权，虽然还沒有称王称帝，建立国号，但自立为奉天倡议文武大元帅，改襄阳为襄京，并分设官职。衍然以经开始和明朝分庭抗礼了。
在政权建设的同时，李自成还展开了血腥手段，清除异己，以更独揽大权，在军中建立自己的绝对权威。在当时，李自成部实际是由李自成、罗汝才、革、左五营三支力量组成。虽然以李自成实力最大，但另两支也不容小视。于是在崇祯十六年（1163年）三月，李自成诱杀了罗汝才和革、左五营领头的贺一龙，革、左五营的另一位头领马回回逃到湖南。而李自成收编了罗汝才的部份和革左五营的其他三营。随后李自成又纵兵消灭了活动于河南一带的小袁营，首领袁时中被杀。
至此，李自成己拥有河南、湖北之地，拥兵五十余万，而且大权独揽，以经拥有了争取天下的实力。
这时张献忠的势力尽管还不如李自成，但在攻取了武昌之后，又收编了部分罗汝才和革、左五营的旧部，实力大增，便也学着李自成的样子，在武昌建立起自己的政权来。而且他比李自成还更进一级，自称西王，以楚王府为王宫，称明朝为朱朝。同时还颇有附庸风雅之意，还完起了开科取士的游戏，还录取了状元、进士，并授以官职。
两位农民军的大佬都开始向着正规化的方向发展，在这种情况下，崇祯自然是坐不住了。正好这时陕西总督孙传庭上疏主动请战，要统兵东出潼关，进取河南之地。崇祯正是无人可用之时，难得孙传庭主动请缨出战，自然是大喜过望，立刻就要下诏调孙传庭出关平寇。
不过朝中也有不少官员认为孙传庭出关是冒险之举，因为孙传庭部几乎是崇祯的最后家当了。一但有个闪失，不仅关中难保，而且还会危及全局，因此孙传庭还是应该暂时呆在陕西不同，视吴甡督师的结果而再作决断。
但内阁首辅陈演却极主张孙传庭出关，可从和吴甡、左良玉形成南北夹攻之势，有望一举击溃李自成和张献忠。当然陈演的实际目地，还是为了分一分吴甡的功劳。
但陈演的主张却是正中崇祯的心意，因为这个时候的崇祯，就像是一个输红了眼的赌徒，将自己所有的本钱全部都押了出去，做最后一搏。因此崇祯不顾其他大臣的反对，立刻下旨，进孙传庭为礼部尚书，改任督师、总制陕西、四川、河南军务，赐尚方宝剑，尽早领兵出关参战。
同时，崇祯又下令吴甡，让驻军庐州，立刻开始进攻李自成。又下令左良王，立刻从九江回军向西，进攻张献忠。合力剿灭匪寇之乱，同时下达圣旨到穆陵关，催促商毅出兵。
而且为了这次合力剿灭匪寇成功，崇祯又作出许多姿态，再一次下了“罪己诏”并宣布免河南五府三年租税，不过实际上这时河南以不在明朝的控制之下了。并且又许下了赏格：生擒李自成者，赏万金、爵通候；擒张献忠者，官极品，世袭锦衣卫指挥使。
商毅知道了这些消息之后，也不禁感叹，这一回崇祯可真是下了血本了，比在另一时空的规模，还要大了不少。当然如果这三部人马如果能够精诚合作，全力以赴，虽然说不一定就能一举扫平李自成和张献忠，但使局面缓合一些，让眀朝在多撑几年，还是完全做得到的。只不过商毅知道，想让孙传庭、吴甡、左良玉这三个人团结合力，是跟本做不到的。
这时己是崇祯十六年六月十二日，局势发展到了这一步，商毅也知道，在也拖不下去，应该出兵了，出兵的日期就定在六冃十五。因此一面转告朝廷，自己出兵的日期，一面调集人马，准备出发。
其实这时穆陵关里的各项准备工作都做得差不多了，也完全可以出兵。按照商毅的计划，先期出动是第二团和第三团，骑兵营和两个侦察连，另外配辅兵一千人，郎中五十人，共计有九千人左右。携带三千石粮食，每名火枪兵配一百二十发弹药，每门火炮配带八十发弹药，实心弹和散弹各占一半。第四团将于十五天以后，携带补给物资，启程上路。
六冃十五曰，关城也为出发的队伍举行了盛大的欢迎议式，随后士兵们告别了亲，踏上了南下的征途。