这次终于让周老二满意了。周老二与对方进行了翻来覆去长久的谈判，最终达成了协议。周老二接受招安，被授予节度使的官职。并且作出承诺，让提刑院的提刑官查办他父亲惨死的案子，对有罪者依照王法予以处置。。
周老二追随者也得到了不同的封赏，周老二这才率军出城投降归顺。
周老二对于宋神宗的人格判断很准，认为他既然答应就不会弄虚作假。果然如此，在答应之后，宋神宗将周老二和他的主要骨干安置在了京城。并赏了宅院，同时正式下旨由卓然侦办此案。
在圣旨下达之后，周老二曾经投下拜帖想拜会卓然。但是卓然却婉言谢绝了，他的答复是，如果自己查案需要了解相关案情，会找他了解。除此之外没有必要交往，至少在案件得出最终结论之前。
周老二很是没脾气，不过他对卓然的决定打心底表示赞叹。他虽然对破案和司法理念没有更深的了解和认识，但是他也觉得一桩案子，不管是怎么样，作出裁判的人不应该过分的与争议的双方中任何一方有亲密的接触。即便是表面上给人这种感觉也是不好的，有时候程序上的公正比实体的公正更让人注目。
所以周老二也就没有坚持，也对此没有提出其他的要求。
卓然接到圣旨之后，他要做的第一件事当然是查清案情。而所有案情的基础当然是两个死者的真正死因，只有死因确认的情况下，才能够确认案件的性质。是谋杀是他杀自杀还是意外事件，在确定案件性质之后，才能够决定是否作为刑事案件予以立案侦破。
所以卓然最先决定解剖的是钟少爷的尸体。因为这具尸体被认为死于谋杀，才最终导致了周老二起兵谋反，究竟周家大少爷是怎么死的？也就成了这桩事情最初起源。
能碰碰运气，结果开棺验尸的结果让卓然很兴奋，也证实了他运气不错。因为尸体已经形成了尸腊，这风水先生给周家选的风水宝地竟然是一块阴地。最终形成了尸腊，而且头部相对保持完好。就让卓然很清晰的看到了案发当时出现的情况。
卓然仔细检查了尸体表面，果然根据尸格记载，看到了尸体的头侧部有两处青紫肿胀。
卓然立刻进行了解剖，结果发现皮下血肿，并没有出血。这就奇怪了，既然是钝器伤，又有乌青，怎么会没有皮下出血呢？相应的颅骨和颅脑也没有任何损伤。卓然立刻明白了，这一处的乌青实际上很可能损害只是头皮，还没有到颅骨或者颅内的脑组织。
很快让卓然发现了真正的死因。他的肺部充满了呕吐物，塞住了他的气管和支气管，在他的食道中也同样发现了呕吐物，包括口腔。
死因也就很清楚了。死者死于吸入性肺炎，结合尸检，发现尸体有浓重的酒味。确定死者应该是喝醉之后躺在长条凳子上昏睡，结果发生呕吐。但是由于醉的太厉害，使得呕吐物无法吐出口外，而直接被吸入了肺部。使他最终无法呼吸而死亡。
卓然立刻叫仵作记录了尸检的情况，随后将尸体重新安葬。
处理完毕之后，卓然没准备再对剩下的两具涉案的尸体进行解剖。因为案件已经很清楚了，另外两具尸体的解剖，对这件案子本身已经没有决定性的意义。
因为另外两件案子的死因，相关当事人都已经做出了肯定性的认定。对于周老大的媳妇，周家也认可她是被水淹死了。但是腿被人砍走这是事实，这一点对案件本身影响不大。
因为随同勘验的刑房和书吏都已经做了记载，的确认定死者双腿被人砍去。而周老汉的死亡根据逃得性命的知县和对团练使的审讯，最终认定周老汉是被团练使用水火棍戳破心脏而死。
卓然考虑到周老二的感受之后没有对他父亲的尸体进行再一次的解剖，不想节外生枝。因为他父亲饱受酷刑虐待，并且被团练使百般殴打，就已经构成了事实的基础。有人证实周老汉是被那一棍捅中心脏之后倒地当场死亡的。团练使自己最终也认可了这一点。
卓然做出了尸体解剖。并进行必要的调查询问之后，他最终得出了案情真相。
卓然写了简单奏折禀报宋神宗，说自己已经破案了。
宋神宗立刻召见卓然和周老二，以及这件案子涉案的当事人团练使和他的父亲钟老大爷。团练使不过是个小小的芝麻官，没想到因为这种案子却见到了皇上。真是又是激动又是惶恐，同时内心也感到十分的不安。
虽然他还不知道这件案子最终的结果，但是他预感到这件事恐怕不是他所想象的。因为他一直认为的凶手周老汉和他的三个儿子饱受酷刑，手脚关节都被碾碎了，却始终不承认杀了他儿子。还最终逼的起兵造反，惹下天大的祸事来。
如果不是遭受了极大的冤屈，恐怕周家不会做出这种事来。团练使也相信一句话，那就是做贼心虚，从现在情况来看，他们似乎并不心虚。反过来推，也就意味着这案子可能冤枉了别人，白白害了老汉的性命。
在走进议政厅之前，团练使心中已经翻江倒海一般，将种种可能在脑海中都过了一遍。所以到了议政厅之后，他的脸色极其难看。他的父亲钟老太爷见儿子这样，也心情十分沉重。即便是见到皇帝，心情也被不安所掩盖了。
如果不是为了跟招安了的周老二，周老三兄弟对峙，宋神宗不可能召见一个区区的团练使和他的没有功名的父亲的。
或许正是因为这两个人的恶霸行径，使得这桩案子竟然牵扯出长达半年的百姓的暴动。涉及到好几个州县，死伤数万人之众。这让宋神宗极其的生气，可他还是压制住了怒火，在事情最终没有得到准确认定之前。
宋神宗将目光望向了卓然，缓缓说道：“卓卿，这桩案子到底如何？你且说来。”
卓然躬身答应，欧阳修、韩琦等也在场。都用各种复杂的表情望卓然，因为他的话可能会影响到大宋朝长达半年的战乱，到底是否有其他原因？作出最终决断。
卓然说道：“我对死者周少爷做了开棺验尸，非常幸运的是尸体安葬在一处背阴，而且有碱土的所在，最终尸体竟然形成了尸腊。在埋藏半年之后，所以能够辨认出尸体头部的伤痕情况。”
“根据这之前我仔细查阅了这桩案子的尸格，确认死者头部的钝器创总共有两处。一处是圆形，一处是内圆形。之前我就确认，这两处伤是死者致死的原因。的确，我看见之后，从表象来看很像是外伤导致的钝器伤，但是不能够被表象所迷惑了。”
“因此我对尸体进行了进一步的解剖，发现尸体的头部相应部位并没有皮下血肿，颅骨骨折，更没有相应颅脑损伤。也就是说他只是头皮受到了创伤，没有伤害到颅骨，整个大脑是完好的。没有可以导致他毙命的病变和外伤。”
此言一出，众人都议论纷纷。特别是钟老太爷和团练使两人更是脸色煞白，团练使倒还能够强作镇定，而钟老太爷已经吓傻了。
团练使阴沉着脸说道：“为什么我儿子头上会有两处钝器伤？大人有没有查清楚过？”
卓然瞟了一眼团练使，嘴里轻哼一声，欧阳修等人立刻很是不满的瞪眼瞧着团练使。欧阳修说道：“放肆！这里还轮不到你来质问卓大人办案能力，而且，你这说的简直不近人情，你儿子死在铁匠铺之外凳子上，深更半夜的有谁能够袭击他？到底是如何被人击打了头部，你让卓大人说出你儿子到底是怎么死的？岂不是强人所难吗？又有谁会在深更半夜亲眼目睹？”
这团练使当然不敢跟宰相顶嘴，立刻闭上了嘴，脸上却还是不好看。
卓然点了点头，说道：“实际上有很多事情并不是必须亲眼所见，而亲眼所见到的也不一定就是真的。一些事实是可以根据某些情况反推来加以认定的。比如钟家少爷这桩案子，虽然我没有亲眼目睹是什么形成了额头上的两处内圆形的钝器伤。但是结合现场勘查报告和尸体检验的尸格，我已经可以准确的得出结论，死者当时是侧着躺在那长条凳之上的。”
“而很碰巧的是，他头部侧躺的部位却正好是他头部的乌青处。也就是说他头部的两处所谓的钝器伤，正是他的脑袋挨着长条板凳的另一面形成的。由此一来，可以得出一个准确的结论。那就是钟家少爷头上的两处淤青并不是所谓的钝器伤，不是被外人打击。”
“而是他头部侧躺在长条板凳之上，长时间保持不动，导致头部淤青，是一种硬物的挤压伤。这种伤痕在类似的一些案例中经常可以看见。比如说重伤昏迷，手背处于压迫状态，不仅手臂会形成这样的挤压伤。还可能会阻碍血液循环，导致血液的手臂得不到正常血液的供应而出现坏死。”