而进入五月之后，刚刚成立的中华民国北京临时政府也迎来了第一次政治危机。4月24日，在南方组阁的唐绍仪抵达天津，次日到京城。随行的只有教育总长蔡元培和农林总长宋教仁及部员数十人。
4月26日，唐内阁于总统府召开第一次内阁会议，定每周二四六于国务院开会，一三五日于总统府开会，下午治部事。
但是唐绍仪因为在此前加入了同盟会，此次还以赞同南方民党阁员带兵北上以换取他们加入内阁的行为，遭到了北洋派官僚的不满和攻击。其次唐绍仪回京后支持由南方民党人士接任直隶、河南、山东三省都督，这不仅引起了三省现任都督的不满，也令袁世凯警惕了起来。直隶都督就是前清的直隶总督，这一职位维系着京城和北洋集团的安危，袁世凯自然是不肯让出给民党的。
于是在袁世凯的默认下，直隶、河南、山东三省都督带头发难，弹劾唐绍仪“依势附利，借同盟会为奥援，植党营私，扼交通部为利薮，不顾大局，但徇私情，遇事依违，因循误国”，并在市面上流传出了唐总理之位不保的传言。
虽然此类传言并不代表唐真的要倒台，但是已经说明唐失去了北洋上下的信任。而唐绍仪和内务总长赵秉钧之间爆发的矛盾，更是加速了唐绍仪内阁的倒台。
民国成立后，北京政府改变治边政策，以“五族共和”和“内政统一”为名，试图消除内地和边疆在政治上的差异，加强对边疆地区的控制和管理，即“视蒙藏回疆与内地各省平等，将来各该地方一切政治俱属内务行政范围”，为此，裁撤理藩部，其事务划归内务部管辖。
赵秉钧调用旧理藩部司员数十人到内务部新设的蒙藏事务处任职，而唐绍仪却想多用南方人员，少用旧人。这立刻引发了旧理藩部司员的不满，这些人和赵秉钧相熟，也不愿让其为难就干脆一体辞职，但这便让内务部陷入了瘫痪之中。
赵秉钧不得不向袁世凯辞职，袁世凯出席了5月5日的内阁会议上调停唐赵两人的矛盾，但未过几日赵秉钧再次前往总统府，向袁当面再次要求辞职。
袁世凯对于这两人的矛盾也是感觉棘手，他对身边人哀叹道，“总理易人，则国务院必须全体解散，方兹大局危迫，更张殊觉不妥，且将来新人物欲一一得参议院之同意，于情势亦多窒碍。”
唐绍仪在失去北洋集团的信任和支持后，很快便受到了其他党派的猛烈攻击。起因是民国政府财政困难，唐绍仪不待新内阁成立，便同华比银行单独签订借款100万英镑合同，以应急需。
但是随着民国政府正式成立，四国银行团于5月正式提出抗议，因前清度支部的主管官员早已承诺，在未来大宗政治借款上将优先考虑银行团。唐绍仪当即向银行团提出质问，“为什么你们不向革命委员会抗议？他们现在在关外不也正向银行团之外的银行筹款吗？”
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银行团代表立刻回道：“革命委员会并非中国政府，且他们并不是政治借款而是商业贷款。不过既然唐总理你这么说了，那么我们也郑重表示向贵政府抗议，请你们立刻阻止革命委员会的借款行为，我们要求满洲事业的开发也应当归纳在银行团的贷款范围之内…”
对于四国银行团的无理要求和欺软怕硬，唐绍仪只能拂袖而去。但是六国公使很快站出来为银行团撑腰，并提出了借款条件：除退还续借比款外，还需监督借款用途。据说，此项要求是因唐绍仪此前赴南方“共用银五百万，并无簿记可凭”，失去外交信用，故银行团“以中国财政前途如此危险，坚持非监督财政，决不滥予巨款”。
唐绍仪拒绝了监督借款用途的要求，并表示，如果向银行团借款不成，他将向国内绅富劝募公债。借款谈判于是陷入僵局。之后，唐绍仪决定把借款事务交给财政总长熊希龄接办。
听说了这起外交冲突后，一些参议员以“借款滥用”为由，对唐绍仪进行声讨。袁世凯不得不出面向参议院为其缓和解释。
而熊希龄这边接手大借款谈判后，在他的努力交涉下，银行团同意不再派员监督财政，改设借款管理员，“中外各派一员，会同监理用途”。双方约定第一批借款1000万英镑，后批借款约4000万英镑，允即交银300万两。
眼看着北京政府总算走上了正轨，但是5月23日参议院召开闭门会议时，中国共和党籍参议员以张伯烈、李国珍为首领，对唐绍仪突然发难，对其进行了强烈的诘责，把唐绍仪问的无言以对。
边上的熊希龄一度要求发言为唐辩护，但是李国珍再次上台，言唐在外交上的失败“实陷吾国外交上之地位于一败涂地，非徒唐总理一身之辱，实致吾民国将为埃及之恶因”。
唐绍仪气的发昏，离开参议院后便对人讲，“吾生平未经如此之蹧蹋，再到参议院者，必非人类”。
中国共和党是以原立宪派人士为中心组成的政党，为表示和东北的共和党加以区别，故加以中国两字。此外参议院内尚有共和统一会、中华民国国民共进会和政治谈话会联合组成的统一共和党。
南京临时参议院因为被同盟会所控制，因此在各省议会的施压下，在迁往北京之前进行了改选和补选，于是在北京临时参议院中，就形成了同盟会、共和党、中国共和党和统一共和党四派。
共和党自从退出南京临时政府之后，再次派出代表参加北京参议院后就失去了介入中央政府的兴趣，除了有关东北、内外蒙古和山东事务外，几乎对其他事务漠不关心。
和北洋集团联手的立宪派势力大增，这些原立宪派精英就试图重新洗牌，将同盟会先赶下去由自己和北洋联合执政。此前中国共和党就先是与统一共和党联手，将同盟会籍的议长林森赶下了台，由两党瓜分正、副议长席位，现在又以借款失败为由，攻击唐绍仪。在他们眼里，加入了同盟会的唐绍仪其实就是同盟会的代表。
此次会议之后，正在南京留守处的黄兴听说内阁借到了款子，一度发电北京要求尽快拨款好安排遣散部队。但是随着借款合同内容的公布，黄兴又发电指责熊希龄与银行团签订的垫款合同“损失国权处极多”，且“违法专断，先行签约，悍然不顾”。
这下熊希龄也是愤怒了，他一边发电为自己解释，一边干脆停止了对南京方面的拨款。
黄兴这个南京留守，也就是所谓的南直隶大总统，有维持整理南方各军及南京地面之责，但并无财政权力。袁世凯又下令，南方军队整理就绪，南京留守即行裁撤。所以南京留守几乎只是一个临时办事的职位，还是干着去替北洋得罪人的裁军事务。
黄兴对于财政总长的指责，不过是给自己挖了个坑。虽然江苏一直以来是前清的钱囊，但是在打了一场，几十万军队又驻扎了数月后，江苏的省库是空空如也了。
而此时南京一带驻扎着16个师及杂编军队，约20万人。之前因为军饷不济已经闹过一次兵变了，眼下北京再卡住了拨款，黄兴自然傻眼了。
且之前黄兴一面积极提倡国民捐，一面以爱国相号召，动员军人退伍。至5月初，裁遣军队已经达7、8万人。但同盟会又挑选优秀军官和精良武器组建第八师，该师从师长到营、连长都是日本陆士和保定军官学校毕业的同盟会会员。
这种一面号召爱国退伍，一面又招兵充实嫡系部队的行动，自然引起了被裁撤官兵的不满，再加上北京停止了拨款，于是留守府只好停止了充实第八师。5月底，袁世凯通电告诉张謇，准备撤除南京留守府。6月14日，黄兴通电宣布解职。
于此同时，耿谨文通电北京政府言：革命军人为了缔造共和抛头颅撒热血，如今共和成功了，就可以随意弃革命功臣于不顾了吗？吴川也随即登报发表评论，一、临时政府应当妥善安置革命军人，而不是去妥善安顿前清皇室、遗老；二革命委员会虽然能力不足，但是也愿意为革命同志尽一份力，有愿意来东北和我们一起建设祖国边疆的革命同志，革命委员会必将尽力安置。
耿谨文、姜文卿随即在长江各省设立的招募点，开始大批招募移民前往东北。革命委员会的表态不仅打了同盟会一个耳光，也让袁世凯不得不出面澄清他并没有弃共和功臣于不顾的意思，并责令财政部拨款安置遣散部队。
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