革命委员会在山东的突然发难，除了给正骄满志得不可一世的北洋军一记狠狠的耳光，同样也让原本摄服于北洋军威的各省地方势力跌破了眼镜，天下人这才发觉北洋武力也不过是如此。
而原本假借北洋军势在本省掀起白色恐怖的地方士绅，在听闻革命委员会在山东实施的报复政策之后，顿时也收敛了不少。这些地方劣绅之前敢于跳将出来清洗本地的革命党人，无非就是看到国民党失势，连几个头领都被北京通缉了，他们此时对这些革命党人下手，既可以讨好北京，又能够重新夺回地方上的权力，这才如此上蹿下跳。
但是革命委员会在山东的举动告诉了这些反动劣绅，北洋军还没有彻底镇压全国的力量，而革命委员会和国民党不同，前者是敢于清洗乡里的，完全不会顾忌地方上是否会糜烂一片。特别是现在，那些被反动劣绅教育过的革命党人也已经醒悟了过来，不再对这些乡里乡亲讲什么乡党情谊，而是怒气冲冲的带着革命军回家乡报仇来了。
这些反动劣绅虽然顽固守旧，但大多数人还是识时务的，当革命军拿起屠刀的时候，他们立刻就老实了起来。既然北京政府不能把革命委员会怎么样，那么他们自然就退回到了中立的立场，继续观看北京政府和革命委员会的斗争结果了。
9月28日，袁世凯率北京大小官员到孔庙祭孔，并发表了如下讲话：“中国数千年来立国根本在于道德，凡国家政治、家庭伦纪、社会风俗，无一非先圣学说发皇流衍。是以国有治乱，运有隆污，惟此孔子之道，亘古常新，与天无极。”
9月29日，吴川在《共和日报》上亲自发表了打倒孔家店一文，文中把孔教比作了吃人的礼教。虽然这一文章在孔教会甚嚣尘上的关内遭到了蜂拥一般的攻击，但是四川《醒群报》主笔吴虞却发文表示支持。
吴虞以《家族制度为专制主义之根据论》一文为开端，连续发表了六篇文章批驳尊孔思想。最终总结出这样一个观点：“儒教不革命，儒学不转轮，吾国遂无新思想、新学说，何以造新国民？”一句话，中国要新，国民要新，思想要新，就要彻底打倒孔教思想。
吴虞的文章彻底引发了各省反孔教势力的批孔思潮，这其中不仅有思想激进的青年学生和留学生们，还有各种反对把孔教定为国家的宗教人士。孔教会把孔子政治化的后果就是，凡是主张共和政治的人士就不得不首先打倒孔子这尊圣人，然后才能打倒躲在孔子背后的封建礼教。
此前一直为关内知识分子所诟病的革命委员会的反封建思想理论和白话文运动，此时倒是因为袁世凯的尊孔行动，转而为知识分子中的温和派所接受了。
就好比陈独秀的断言：“孔教与共和乃绝对两不相容之物，存其一必废其一，…盖以孔子之道治国家，非立君不足以言治…主张尊孔，势必立君；主张立君，势必复辟，理之自然，无足怪者。”
也就是说，原本认为革命委员会对于孔孟思想的批评过于激进的中国知识分子们，在面对袁世凯有可能走向独裁专制的时候，不得不在维护共和政治的旗帜下，同革命委员会站在了一起。这对于那些试图通过国教行动维护孔孟思想的旧知识分子而言，无疑是一种措手不及的打击。
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对于文化界的这种思想斗争，袁世凯既不出面澄清，也不支持孔教会的国教行动，而是采取了一种模棱两可的含糊姿态。毕竟对于此时的袁世凯来说，他眼中最为紧张的两件事，一件就是正式大总统的选举，去掉头上临时两字，从而获得这个国家名正言顺的统治权力；另一件就是和革命委员会言和，先为北洋赢得一个喘息的机会。
10月6日，国会选举袁世凯为第一任大总统，袁世凯于北京故宫太和殿就职。也就在这一天，革命委员会的代表周树模抵达天津，下榻于海河边上上利顺德酒店内。在他抵达之前，作为袁世凯代表的徐世昌已经住进了酒店，两人于是开始了会面。
作为前黑龙江巡抚，周树模过去就做过徐世昌的下属，他倒是没有料到自己还有同这位老上司进行谈判的时候。两人在一间面对海河的茶室内，先是品茶叙旧了将近一个下午，直到这场会谈将要结束的时候，徐世昌才漫不经心的向老部下问道：“吴畏之是真心想要和平呢？还是一时的缓兵之计呢？”
周树模沉吟了片刻后，便不疾不徐的回道：“确实是想要和平，而不是什么缓兵之计。再说了，眼下处于不利局势的并不是我方，就算要用缓兵之计，也该是贵方需要才对。”
徐世昌眉头一挑，语带不满的说道：“少朴，我们交往的日子也不算浅了，何以还有你我的说法。真要论你我，你也应该是和我们站在一起吧。吴畏之何许人也，值得你这么敬重于他？”
徐世昌不过是一句玩笑之言，但周树模却思考了许久，才慎重的回道：“我看不懂这个人，虽然年纪轻轻，但却能轻易的把人心掌握在自己手里，谋划之际胆略过人，行事之时却又谨慎万端，绝无一般少年得志的张扬。有曾左之长，而无曾左之短。”
徐世昌有些哑然失笑的看着这位老部下道：“少朴莫不是在说笑？曾左可是中兴大清的人杰，虽项城也不及远矣，吴畏之真有这样的才能和志向？”
周树模沉默了片刻之后问道：“项城以能吏、干吏而著称，北洋上下都知其不好财，不好色，平生只好做事。但即便是如此，下面人的孝敬一样是少不了的，年轻时也有了数名小妾。
但是反观吴畏之，年未满30就手握一方重权，又有从日本人手中收回南满特权的功绩，以其在东北之地位，何物不可得，何女不可娶？然而时至今日，彼也未置田宅，也未求美色，不管是我们这些前清时代的老人，还是那些留学生看来，这都是一个圣人。
手握重权而能够做到如此自律的，除了曾涤生、左宗棠外我还没见过第三人。那些革命党人一朝得势随即腐化的，可谓是数不胜数了。其身正，治下严，则军民自然无有不服。”
徐世昌脸上的笑容渐渐敛去，正正经经的向他问道：“那么什么叫无有曾左之短呢？”
周树模顿了顿，这才语气平和的说道：“因为他不用效忠一个满人皇帝，所以不必在忠君和爱民之中做出选择，故自不必如曾左这般做一些违心之事，说一些违心之言。此便是无曾左之短了。”
徐世昌在心里反复思考了数次，这才试探的问道：“照这么说，你觉得今后这天下是属于吴畏之的了？”
周树模想了良久，才摇着头叹息的说道：“我确定不了，吴畏之走的路和袁项城走的路不同，那条路太过艰难，非大毅力、大勇气、大志向、大智慧，外加一点运气，就是中道而坠的下场。强如李中堂不也只能做一辈子的裱糊匠吗？”
徐世昌默然无语，过了许久才问道：“既然如此，吴畏之何以要走那条路？”
周树模长吐了一口气道：“我和吴畏之虽然交往不久，不过隐约也能瞧得出他的心意，不过是不甘心三个字。我们终究不及这些年青人，想要顾虑的东西实在是太多了些，所以国事才会败坏至此，这个世道也只能靠着他们去改变了…”
徐世昌和周树模在利顺德酒店内谈了三天，算是谈妥了双方和平的条件。革命委员会获得胶济铁路以北的胶东半岛及诸城地区的统治权，但需把周村交还给山东都督府，并在名义上接受山东都督府的管理。
胶东半岛的盐税、关税等，不得加以截留。而北洋政府不得干扰东北和山东之间的铁路运输，关内外铁路的管理权交于东北铁路局，但是铁路余利必须上缴给国库。革命委员会不干扰北京在热河的驻军，而热河驻军也不能干预革命委员会在该地的商业活动。
北京政府将调换山东都督和江苏都督，但不对两都督进行处分。北京政府支持并保护革命委员会在关内各地的商业贸易，比如长江的航运事业、马鞍山铁矿的开发、海南岛的橡胶种植及矿产开发等。
最后，革命委员会尊重本次国会大总统的选举结果，而北洋派也承诺将会在适当的时候恢复第一版的临时约法，非南京临时参议院修改的第二版。
对于徐世昌带回来的结果，袁世凯还是有些不满的，他对着徐世昌埋怨道：“东海兄，你这也太好说话了，革命委员会所谓的第一版临时约法，比之第二版也好不到什么地方去。要是恢复了这版约法，这天下事依然轮不到我们说了算，反而给了各省反抗中央的借口。”
徐世昌只能搪塞道：“总要革命委员会承认了这个大总统选举的结果，之后我们才好做事。否则国家四分五裂的局面就在眼前，项城你难道真要和革命委员会打个结果出来，然后让孙、黄之辈看笑话吗？何况国民党的武力是被消灭了，但是国民党这个政党还在，要是我们和革命委员会打个两败俱伤，恐怕得利的倒是他们了。”
袁世凯顿时恨恨的说道：“就他们这些捣乱的，还想渔翁得利？既然我们和革命委员会达成了协议，就要彻底解决了国民党不可。”
徐世昌一惊，马上劝说道：“项城你可要慎重行事，我们可刚刚和革命委员会达成协议，说好了不能再迫害革命党人，还要追究那些无辜迫害革命党人的凶手的。要是革命委员会以为我们欺骗了他们，恐怕是不好收场的。”
袁世凯笑了笑说道：“我何必迫害他们，国民党发起叛乱，本就触犯了国法，我名正言顺的解散他们不就是了。把这些国民党人开除出国会，这样国会凑不足法定人数开会，我们也正好少了一个麻烦。”
徐世昌沉思了片刻后说道：“是不是再给他们一个改过自新的机会？说不定现在那些国民党议员也许会改变想法，尊重大总统的政令了。”
袁世凯沉默了良久说道：“那就看看他们草拟了这么久的宪法草案到底是什么内容，如果他们真的不想和我作对了，那么我也不是不能网开一面的…”
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